منذ الإعلان عن التحالف الوطني السوداني / قوات التحالف السودانية في عام 1994م فقد تولي القيادة السياسية والعسكرية للتنظيم (المكتب السياسي والعسكري) والذي ترأسه المقاتل/ عبد العزيز خالد.
بعد اجازة المؤتمر التمهيدي الثاني للتحالف الوطني السوداني / قوات التحالف السودانية الذي عقد في الفترة من الاول وحتي الخامس من يوليو 2001م النظام الاساسي للتحالف الوطني السوداني/ قوات التحالف السودانية فقد تم تعديل مسمي (المكتب السياسي والعسكري) لـ (المكتب التنفيذي).
انتخب المقاتل عبد العزيز خالد وباجماع اعضاء المؤتمر التمهيدي الثاني رئيساً للمكتب التنفيذي. كما انتخب المؤتمر أعضاء أول مكتب تنفيذي للتحالف الوطني السوداني / قوات التحالف السودانية.
وانتخب أول مكتب تنفيذي للتحالف الوطني السوداني / قوات التحالف السودانية -بالاضافة للمقاتل رئيس المكتب التنفيذي المنتخب- من :-
• المقاتل / عصام الدين ميرغني طه.
• المقاتل / قابي فائز.
• المقاتل / فتحي عبد العزيز.
• السيد/ د.تيسير محمد أحمد على.
• السيد / محمد الحسن عبد المنعم.
• السيدة / ندي مصطفي.
• ممثل للداخل.
كيفية تكوين المكتب التنفيذي
يتكون المكتب التنفيذي من الأعضاء الذين ينتخبهم المؤتمر العام. ويتم انتخاب رئيس وأعضاء المكتب التنفيذي بالاقتراع السري ويبدأ كل عضو في شغل منصبه بانتهاء دورة المؤتمر الذي انتخب فيه. ولا يشغل أي عضو من أعضاء المكتب التنفيذي أكثر من منصب واحد في المدة الواحدة. ولا يجوز لرئيس المكتب التنفيذي أن يظل في رئاسة المكتب لأكثر من فترتين.
عزل رئيس وأعضاء المكتب التنفيذي
يعزل رئيس أو أي عضو من أعضاء المكتب التنفيذي في دورة طارئة للمؤتمر العام وبأغلبية ثلثي الأصوات في الحالات التالية:
أ. إذا ارتكب خطأ أو جرماً حاكمه التحالف بمقتضاه ووجده مذنباً.
ب. إذا أصيب بمرض أقعده عن ممارسة نشاطه.
ت. إذا صدر بحقه حكم بالسجن في جريمة مخلة بالشرف أو الأمانة.
ث. إذا استغل منصبه في المكتب التنفيذي، بأي صورة من الصور، لتحقيق ربح أو مكاسب شخصية له
سلطات واختصاصات المكتب التنفيذي
المكتب التنفيذي هو السلطة التنفيذية العليا للتحالف في الفترة ما بين انعقاد دورات انعقاد المؤتمر العام والمجلس المركزي ويكون مسئولاً لدى المؤتمر العام على المستوي المركزي أو لدى مؤتمر المنطقة أو المدينة على مستوي المنطقة أو المدينة أو لدى الجمعية العمومية للوحدة، أو لدى المؤتمر العام لأي جهاز من أجهزة التحالف.
ويقوم المكتب التنفيذي بأعباء إدارة شئون التنظيم ويشرف على تنفيذ سياساته العامة وينفذ قرارات المؤتمر العام والمجلس المركزي ويخضع في كل تصرفاته لهما. ويقوم المكتب التنفيذي للمدينة والمنطقة والوحدة الأساسية بأعباء إدارة شئون التحالف في هذه المستويات ويشرف على تنفيذ سياساته العامة وينفذ قرارات وتوجيهات المؤتمر العام والمجلس المركزي ويخضع في كل تصرفاته لهما.
وبالإضافة لذلك فإنه يختص يالأتي:
أ. يكون مسئولاً عن مالية التحالف وعن اوجه صرفها ـ وفق اللائحة المالية والحسابية ـ الصادرة بموجب المادة (1) الباب الرابع من النظام الاساسي للتنظيم.
ب. ينشئ الإدارات اللازمة لتنفيذ خطط وبرامج التحالف.
ت. يكون اللجان المتخصصة من بين أعضائه أو من بين أي أعضاء آخرين لمعاونته في أداء مهامه.
ث. يحدد أوقات وأماكن انعقاد اجتماعات المؤتمر العام والمجلس المركزي ويدعو ويعد لها، كما يدعو لأي اجتماعات طارئة.
ج. ينقل سياسات وخطط وبرامج التحالف إلي أعضائه وينشرها بين الجماهير ويحثهم على المساهمة في تنفيذها.
ح. يتولى قيادة وإدارة العمل السياسي اليومي على مستوي الجماهير، ويوجّه كافة المكاتب التنفيذية في نطاقه لأداء واجباتها.
خ. يكون الوحدات الأساسية وتنظيمات التحالف أو فروعها وينشئ المنظمات الفئوية: (التحالف النسوي السوداني، التحالف الشبابي والطلابي السوداني، التحالف النقابي السوداني)، والمنظمات الإنسانية والحقوقية أو فروعها.
د. يعني بشئون أعضاء التحالف ورعاية أسرهم ويعمل على رعاية شئون اللاجئين والمغتربين والمهاجرين والنازحين.
ذ. يجمع المعلومات السياسية والاقتصادية و أي معلومات متعلقة بالوطن والتنظيم.
ر. يرفع تقارير شهرية وسنوية عن نشاطه وأي تقارير أخرى للمكتب التنفيذي الأعلى وتقريراً ختامياً للمؤتمر العام للمستوي الأعلى.
ز. يعمل مع الفعاليات السياسية والنقابية وتنظيمات المجتمع المدني كافة على ترقية الحياة السياسية والاجتماعية والثقافية والاقتصادية للجماهير.
س. يشارك في النشاطات الاجتماعية والثقافية والسياسية التي تعقدها تنظيمات المجتمع المدني الإقليمية والدولية.
ش. يتعرف على احتياجات ومشاكل الجماهير ويعمل على حلها ما أمكن مع الجهات المعنية.
ص. يجمع الاشتراكات والتبرعات واستقطاب الدعم المادي.
ض. يقود جهود وبرامج التعبئة والاستقطاب والتجنيد.
